|
2009
|
|
|
Anplikoiaren (anplifikatu nahi
|
dugun
gene zatia) tamaina zehatzaizatea. Normalean 100 bp baino txikiagoak, hobeto anplifikatzendirelako eta kutsadurarako arrisku gutxiago dagoelako.
|
|
|
Gure primer a BLAST programan idatziko dugu eta programaksekuentzia hau
|
duten
geneak erakutsiko dizkigu. Gene bakarra (interesatzenzaigun genea, hain zuzen) ezagutuko duten primer ak aukeratuko ditugu.
|
|
2015
|
|
|
Espresio patroi hauqPCR bidez konfirmatu da klusterreko hiru generekin: An7895/ cipB, espresio aldaketa handienaerakusten
|
duen
genea, eta An7896/ dbaA eta An7901/ dbaG, klusterreko gainerako geneen espresioaerregulatzen duten bi TFak kodifikatzen dituztenak geneak (Gerke et al., 2012). qPCR bidez, WT etaflflbB zepen arteko espresio aldaketa baieztatzeaz gain, kbrlA mutantean espresio azterketa egin da (Adams et al., 1998; Wieser et al., 1994). Emaitzek, flflbB eta kbrlA mutanteetan dba klusterreko hirugene horien espresioa adierazgarriki igotzen dela erakusten dute (irudia ez dago artikuluan).
|
|
|
Gorritik urdinerako eskalak geneezberdinen gain/ azpi adierazpen gradientea adierazten du. Diagnosian adierazpen esangarria (p< 0.05)
|
zuten
geneen izenak koloreztatuta agertzen dira, gorriz gain adieraziak eta urdinezazpi adieraziak. Asteriskoak, tratamenduan ere adierazpena esangarriki aldatuta agertzen zelaadierazten du.
|
|
|
Zenbait geneetan ikusitako alterazio adierazgarriek eritasun zeliakoan ematen den hanturaprozesua baieztatzen dute, eta TLR bidezidor alteratu bat iradokitzen dute gaixoetan. Gainera, hartzaileen, bidezidor muinaren, eta proteina koestimulatzaileak, zitokinak eta interferoiakkodetzen
|
dituzten
geneen artean aztertutako alterazio maila desberdinak, hartzaileetatik urbeherako alterazio posible bat erakutsi lezake. Hala ere, proteina mailako analisiak burutzeaezinbesteko lana da kokapen mailan gertatutako alterazioak ulertu ahal izateko.
|
|
2017
|
|
|
Morfinaren tratamenduaren azterkari nagusiak inpronta genomikoa
|
duten
geneak dira gurelanean. Morfinak gene hauetan eraginen bat ote duen ikusteko, qRT PCR teknikarekininprontadun gene familiaren adierazpen aldaketak neurtu ditugu kontrol eta morfina laginetan.
|
|
|
Teknika honen bitartez inpronta genomikoa
|
duten
geneetan adierazpen aldaketaesanguratsuak identifikatu ditugu morfinarekin trataturiko laginak kontrol laginekin alderatuta (2.irudia). Adibidez, aitaren aldeko inpronta genomikoa duten gene diren Rasgrfl, Pegl etaPeg3 k beherakada adierazgarria erakutsi dute beraien adierazpenean eta Peg5 eta Peg10 geneekaldiz, adierazpena areagotu dute.
|
|
|
Teknika honen bitartez inpronta genomikoa duten geneetan adierazpen aldaketaesanguratsuak identifikatu ditugu morfinarekin trataturiko laginak kontrol laginekin alderatuta (2.irudia). Adibidez, aitaren aldeko inpronta genomikoa
|
duten
gene diren Rasgrfl, Pegl etaPeg3 k beherakada adierazgarria erakutsi dute beraien adierazpenean eta Peg5 eta Peg10 geneekaldiz, adierazpena areagotu dute.
|
|
|
Emaitza hau sakontasunean azaltzeko, inpronta genomikoa
|
duen
gene bat hartuko dugu kasukonkretuaren adibide bezala: Peg3, aitaren inpronta genomikoa duen genea (4.irudia). Lehenengo panelean irudiko genomaren zatiaren eskala ageri da, 10 Kb koa.
|
|
|
Emaitza hau sakontasunean azaltzeko, inpronta genomikoa duen gene bat hartuko dugu kasukonkretuaren adibide bezala: Peg3, aitaren inpronta genomikoa
|
duen
genea (4.irudia). Lehenengo panelean irudiko genomaren zatiaren eskala ageri da, 10 Kb koa. Bigarren etahirugarrengo paneletan kontrol eta morfina laginaren tontorrak azaltzen dira hurrenez hurren.Laugarren panelean genomako posizio horretako geneak izendatzen dira beraien exoi etaintroiekin urdinez, Peg3 eta berari jarraiki doan Usp29 geneak alegia.
|
|
|
Lan honen ondorio bezala esan dezakegu, morfinak H3K27me3 histonaren aktibitateanjaitsiera bat eragiten duela eta gainera, bere antolamenduan aldaketa zuzenak burutzendituela, inpronta genomiko
|
duten
geneekiko lotura handiagotuz. Zehazki, lotura hau ICReta DMR guneetan gertatzen da, erregulazio bat emanez.
|
|
|
Honek morfinaren eraginezeraldatu daitekeen mekanismo epigenetiko bat eskaintzen digu, aztertzen jarraitzea mereziduena. Izan ere, morfinak, inpronta genomikoa
|
duten
geneengan sortzen duen efektuhorrek inpaktu handia izan dezake bai memoria zelularrean, inpronta genomikoan, Xkromosomaren inaktibazioan, enbrioiaren garapenean edota belaunaldiz belaunaldikooinordekotza epigenetikoan.
|
|
|
Hitz gakoak: aldaketa epigenetikoak, H3K27me3 histona, inpronta genomikoa
|
duten
geneak, morfina.
|
|
|
Inpronta genomikoa
|
duten
geneak
|
|
|
Morfinaren eragina, inpronta genomikoa
|
duten
geneekin lotzen duten ikerketak gerozeta ugariagoak dira (Gioiosa eta lank., 2007, Gioiosa eta lank., 2008, Tapocik eta lank., 2009). Inpronta genomikoa prozesu biologiko bat da, gene bat edo genomaren eremu batbiokimikoki markarazten duena jatorri parentala adieraziz, hau da, gene jakin bat amarenedo aitarengatik jasotako aleloaren kopia den adierazten digute. Inprontaren ondorioz, aleloetako bat bakarrik adieraziko da eta bestea itzalita mantenduko da.
|
|
|
Inprontaren ondorioz, aleloetako bat bakarrik adieraziko da eta bestea itzalita mantenduko da. Ugaztunongarapen egokia eman dadin, amaren eta aitaren inpronta
|
duten
geneen ekarpenabeharrezkoa da, prozesu horretan aldaketarik emanez gero hainbat eta hainbat gaixotasunedo sindrome sortu daitezke eta (Knoll eta lank., 1989, Nicholls eta lank., 2001, Horsthemke eta lank., 2008, Bartolomei eta Ferguson Smith 2011).
|
|
|
ICR eremu hauek zitosina etaguanina nukleotidoetan aberatsak dira (CpG irlak ere deiturikoak), eta beraz, metilazioaemateko leku aproposenak dira. ICR eremuak osatzen dituzten CpG irlek metilazioezberdintasunak erakusten dituzte clusterretako gene konkretuetan, DMR deituak (ingelesezko Differentially Methylated Regions) (Edwards and Ferguson Smith 2007). Hau dela eta inpronta genomikoa
|
duten
geneak gure ikerketa honen jomuga dira, beraienICR eta DMR eremuak aldaketa epigenetikoak pilatzeko leku aproposa baitira.
|
|
|
Guzti honekin, morfinaren ondorioz H3K27me3 histonan sorturiko antolamendualdaketek inpronta genomikoa
|
duten
geneetan izan dezakeen eragina aztertuko dugu lanhonen bidez.
|
|
|
2) Morfinak inpronta genomikoa
|
duten
geneetan eragin zuzena duen identifikatzea.
|
|
|
3) H3K27m3 histonan, morfinak sortutako antolamenduaren aldaketak ikertzea etainpronta genomikoa
|
duten
geneetan duen eragina behatzea.
|
|
|
Aurrerantzean, artikulu honetan proposatutako lan fluxua zehaztasunezko medikuntzan erabiltzea da gurenahia. Horretarako, pazienteen datuak jasoko ditugu, hauen DNA genomikoa sekuentziatuko dugu eta pazienteek
|
dituzten
gene mutazioak kontuan hartuta, hauek sortzen dituzten peptido mutatuak masa espektrometria bidezikertuko ditugu. Honek, gure lan fluxuari balioa emango dio zalantzarik gabe.
|
|
2019
|
|
|
Exon bakarreko gehienak 2000 5000nukleotido zituzten, hau da, luzera txikikoak ziren. 2000 nukleotidotik beherako transkriptomonoexonikorik ezin zen egon, analisitik kanpo utzi ziren, sekuentziazioa irakurketa motzekoRNA seq bat zenez transkripto hauek ezin baitira fidagarritasun handiarekin de novo mihiztatu.LncRNA guztiak gertuen
|
duten
gene kodetzailearekiko posizio erlatiboaren arabera sailkatuziren (2 irudia). Espero bezala, IncRNA intergenikoen klasea gailentzen zen, entzefaloan hauenproportzioa handiagoa bada ere.
|
|
|
Proposatutako geneak adierazten ez direla ikusirik, gene erantzule posible berriak bilatu dira.Horretarako SNParen eremuarekin elkarrekintzak
|
dituzten
geneak bilatu dira HiC bilatzailearen onlinevirtual 4C lanabesa erabiliz (Lieberman Aiden et al., 2009). Lanabes honek, DNAren hirudimentsioko egitura kontuan hartzen du geneen edota genomaren eremu desberdinen artekoelkarrekintzak iradokitzeko.
|
|
|
Azterketa funtzionalekin hasi aurretik, aukeratutako bi lncRNAk pankreako p zeluletanadierazten ziren aztertu genuen eta bertako adierazpen maila beste ehunekin konparatu genuen.Adierazpena neurtzeko lncRNAen RNA mailak neurtu genituen Taqman entsegua (lnc13) edohasle espezifikoak (lncBACH2) erabilita Q PCR teknikaren bitartez. Lortutako adierazpenbalioak, edozein baldintzatan eta ehunetan RNA maila egonkorra
|
duen
gene baten (p aktina edoHPRT geneak) adierazpen mailagatik normalizatu genituen, laginean dagoen RNA totalarenkantitatearen arabera zuzentzeko. 2 irudian ikus daitekeen bezala, lnc13 eta lncBACH2, EndoC pH1 giza p zeluletan adierazten ziren. Pankreako p zeluletan lnc13 ren adierazpenmaila absolutua beste ehunetan baino altuagoa zen bitartean (2a. irudia), lncBACH2 renadierazpena konparagarria zen ehun guztietan, pankreako p zeluletan barne (2b. irudia). Aipatzekoa da lncBACH2 ren adierazpen maila absolutua azterturiko ehun guztietan, nabarmenaltuagoa zela lnc13 adierazpen mailarekin alderaturik.
|
|
|
Geneen funtzioak aztertzeko erabiltzen den metodo azkar eta erraz bat RNAi bidezko teknikanoinarritzen da. Teknika hau oso erabilgarria suertatu den arren, ez
|
du
geneen inaktibazio totalabaimentzen. Aldiz CRISPR/ Cas9 teknikan oinarritzen den edizio genikoak muga hauek gainditzenditu, gene jakinen adierazpena guztiz deuseztatuta duten lerro zelularrak modu erraz eta eraginkorbatean sortzea ahalbidetzen baitu.
|
|
|
Ugalketa asexuala kontrolatzen duten geneak bi bidegenetikotan taldeka daitezke. Bigarrena konidioforoa osatuko duten zelula mota gehienen sintesiakontrolatzen
|
duen
gene taldea da, CDP (central developmental pathway) akronimoarekin ezagutzendena. Bidezidor honen lehen genea da, hain zuzen, brlA, eta konidiazioari hasiera emango bazaio genehonen aktibazioa ezinbestekoa da; fase asexualaren mugarria dela esan liteke, beraz.
|
|
|
Lehen bide genetikoan, aipatutako seinaleei erantzunaz, brlA ren transkripzioa aktibatu ala ezerabakitzen
|
duten
geneak taldekatzen dira. UDA (upstream developmental activation) akronimoa erabiltzen da bide genetiko hau izendatzeko.
|