|
2007
|
|
|
Paradigma aldatu zuen. «Proteinetara itzultzen ez diren RNAren zati oso txikiak dira teknikoki RNA
|
ez
kodetzaileak, eta horregatik ez zitzaion garrantzi handirik ematen», adierazi du Eulalia Martik, Erregulazio Genomikoko Zentrokoak (CRG). «Baina pixkanaka ikusi zen bazutela».
|
|
|
Orain dela gutxi, beste aldaketa epigenetiko bat aurkitu da tumoreetan: RNA
|
ez
kodetzailea. RNA askok DNAren eta proteinen arteko molekula bitartekari gisa funtzionatzen dute, eta horien sintesiak geneak ordenatzen ditu.
|
|
2014
|
|
|
Lehengo batean, zabortzat hartu izan den genoma
|
ez
kodetzailearen inguruan aritu ginen hemen, proteinen aminoazidoak kodetu ez arren berebiziko funtzio erregulatzailea betetzen duen material genetikoaren %98az, hain zuzen ere. ENCODE proiektuaren emaitzek argi utzi dute zaborrik ez dela genoman, eboluzioak honaino ekarri duen edozein nukleotidok ere bere betebeharra bide duelako.
|
|
|
Alborapen horren zergatia azaldu gabeko kontua izan da, orain arte. Orain hilabete eskas Science en argitaratutako lan batean, Washingtoneko Unibertsitateko talde batek ikusi duenez, geneen funtzioa erregulatzeko osagai nagusiak diren transkripzio faktoreak gene askoren sekuentzia kodetzaileetan ere lotzen dira (alboko eremu
|
ez
kodetzaileekiko loturak aspaldi ziren ezagunak). Transkripzio faktoreen lotura nukleotido sekuentzia zehatzetan baino ez denez gertatzen, eremu kodetzaileetako kodonek esanahi bikoitza izan dezakete, edo lanaren egileen arabera duonak izan daitezke.
|
|
2017
|
|
|
Bertako geneakzeliakiaren erantzule funtzionalak izan daitezkeela iradoki da eta ikerketa ugari egin dira haueninguruan. Dena den, asoziaturiko aldaera gehienak (nukleotido bakarreko aldaerak edo SNP), iradokitako gene kodetzaile hauetatik kanpo kokatzen direla ikusi da eta honek, genomarenerregulaziorako sistema konplexuaren atzean dauden elementu
|
ez
kodetzaileen garrantziaazpimarratu du (hala nola aldaera estrukturalak eta epigenetikoak). Horien artean, RNA ezkodetzaile luzeek (lncRNA), > 200 base pareko luzera duten eta proteina kodetzen ez dutenRNA molekulek, interes handia piztu dute, geneen adierazpenaren erregulatzaile garrantzitsuakdirela ikusi baita eta berriki, EZaren garapenean partaide direla baieztatu da (Castellanos A. etal, 2016).
|
|
2018
|
|
|
Urteak igaro ahala, DNAn mutazioak pilatzen doaz; zenbat eta mutazio gehiago izan, orduan eta akats gehiago gertatuko dira mitokondrietan. Gainera, mitokondrietako DNA nukleokoa baino sentikorragoa da edozein kalterekiko; izan ere, mitokondrietakoa ez dago proteina babesleetan kiribilduta, ROSek eragindako kalteak konpontzeko mekanismo gutxiago ditu eta DNA sekuentzia guztia kodetzailea da (geneak bata bestearen segidan daude; tartean ez du zati
|
ez
kodetzailerik). Hala, mutazio horiek sortutako proteina okerren ondorioz, handitu egiten da arnas kateetatik ihes egiten duten ROSen proportzioa, eta horrek, era berean, mutazio gehiago dakartza.
|
|
2019
|
|
|
Bestalde, RNA
|
ez
kodetzaile luzeen (lncRNA) kategoriak 200 bp baino luzeagoak diren transkripto ez kodetzaile guztiak biltzen ditu. LncRNAek ez dute 100 aminoazido baino luzeagoa den irakurketa irekiko sekuentziarik (ORF, open reading frame), orokorrean ez dute kodoi kontserbaturik eta ez dute homologiarik proteina datu baseekin.
|
|
|
Bestalde, RNA ez kodetzaile luzeen (lncRNA) kategoriak 200 bp baino luzeagoak diren transkripto
|
ez
kodetzaile guztiak biltzen ditu. LncRNAek ez dute 100 aminoazido baino luzeagoa den irakurketa irekiko sekuentziarik (ORF, open reading frame), orokorrean ez dute kodoi kontserbaturik eta ez dute homologiarik proteina datu baseekin.
|
|
|
Baina, azken urte hauetan ikertzaileek epitranskriptomikaren arloan jarri dute fokua, RNAren modifikazio kimikoetan; izan ere, aldaketa horiek transkripzio ondorengo prozesu guztietan eragina dutela ikusi da, azkenik proteinen sintesiaren dibertsifikazioan eraginez (25). RNAren modifikazio guztien artean, RNA eukariotoaren metabolismoan eta funtzioan eragina duten batzuk aurkitu dira, besteak beste, N6 metiladenosina (m6A), 5 metilzitosina (m5C), uridinaren (U) isomerizazioa pseudouridinara(?) edo N1 metiladenosina (m1A) (4 irudia), modifikazio hauek batez ere, RNAm eta lncRNA bezalako RNA
|
ez
kodetzaileetan agertzen direlarik. RNAren ezaugarri bereziak direla-eta, (bizi laburra, oso egituratua, gune zelular ezberdinen artean mugikorra), RNA mailako erregulazio hau oso sentikorra eta dinamikoa dela ikusi da.
|
|
|
Zelulek aldaketa horren bidez, RNAren metabolismoa eta itzulpena azkartzen dute, aldaketa hori irakurtzeko gai den proteina espezifikoren bat dagoen bitartean, noski. Hortaz, m6A edo bestelako aldaketak irakurtzeko gai diren proteinen identifikazioan eta karakterizazio funtzionalean dago gakoa; izan ere, proteina horiek markaturiko RNA horren patua zein izango den erabakiko baitute, amaierako RNA
|
ez
kodetzaileen edo proteinen sintesia erregulatuz (27). Hainbat proteina ezberdin aurkitu dira m6A aldaketaren idazle, irakurle eta ezabatzaile gisa parte hartzen dutenak.
|
|
|
Esaterako, RNAm aren transkripzioa eta moztitsasketa erregulatzen duen MALAT1lncRNAn (Metastasis Associated lung adenocarcinoma transcript 1) hainbat m6A gune aurkitu dira, MALAT1transkriptoaren bigarren mailako egitura, eta ondorioz funtzioa, mantentzeko ezinbestekoak direnak (31). Era berean, XISTRNA
|
ez
kodetzaile nuklearrean ere m6A gune ugari identifikatu dira, eta YTHDC1 proteina gune horietara batzea ezinbestekoa da X kromosoma baten isilarazpena era egokian burutzeko (29). Zalantzarik gabe, emaitza hauek m6A markaren garrantzia islatzen dute RNAren prozesamenduan, haren funtzio ugariak zehazteko ikerketa gehiagoren beharra azaleratuz.
|
|
|
Azken ikerketen arabera, RNA baseen parekatzea eten eta RNA harizpi bikoitzen banaketa eragin dezake m1A aldaketak. Nahiz eta 7.000 m1A aldaketa baino gehiago aurkitu diren RNA
|
ez
kodetzaile luze eta kodetzaileetan, oraindik ikerketa gutxi burutu denez, m1Aren funtzionaltasuna ez dago guztiz garbi nahiz eta seguruenik itzulpenaren sustapenarekin lotuta egon (32). Era berean, lncRNAetan marka honen presentzia oraindik ez da oso ondo aztertu, baina berriki buruturiko ikerketa batek MALAT1lncRNAn m1A guneak identifikatu ditu.
|
|
|
Gutxienez 57 RNA metiltransferasa identifikatu dira giza zeluletan, haietatik 5 behintzat m5C aldaketan eragin zuzena dutenak; NSUN1/ 2/ 3/ 4/ 6/ 7, NSUN5a/ b/ c, DNMT2 (RCMT metiltransferasak) eta TET familiako proteinak hurrenez hurren. NSUN2k hainbat RNA
|
ez
kodetzailetan 5 zitosina metilatu dezakeela ikusi da, eta horrek zelula amen garapenaren erregulazioan eta minbizi zelulen garapen eta metastasian garrantzi handia duela deskribatu da. Aldiz, DNMT2k, DNA metiltransferasa bezala ezagutu den arren, RNAt eta RNAr aren metilazioan ere parte hartzen duela ikusi da (25, 33, 35). m5Cren funtzio biologikoak RNA eukariotoan ezezaguna izaten jarraitzen du gaur egun (31).
|
|
|
Azken urteetan, teknologia berriei esker genetikaren arloan aurrerapen handiak egin diren arren, RNA
|
ez
kodetzaileen eta epitranskriptomikaren alorrean oraindik galdera asko dago erantzuteko. Lehenik, epitranskriptoma zein lncRNAen ezagutzan aurrerapausoak emateko RNAren paisaia osoa ezagutzea ezinbestekoa da.
|
|
|
Iluntasunetik argirantz, genoma
|
ez
kodetzailea kodetuz
|
|
|
DNAren eta RNAren sekuentziazio masiboei esker, ordura arte. DNA zabor? bezala ezagututako guneetatik transkribatutako proteinarik kodetzen ez duten milaka RNA
|
ez
kodetzaile (ncRNA) detektatu dira, genomen inguruko ikuspegi proteozentrikoa alboratuz eta RNA ez kodetzaileak, bereziki luzeak (long non coding RNA, lncRNA), ikertzaileen fokuan jarriz. Era berean, azken ikerketek geneen adierazpenerako ezinbestekoak diren transkripzio eta itzulpen prozesuen erregulazioak duen garrantzia ere agerian jarri dute.
|
|
|
DNAren eta RNAren sekuentziazio masiboei esker, ordura arte. DNA zabor? bezala ezagututako guneetatik transkribatutako proteinarik kodetzen ez duten milaka RNA ez kodetzaile (ncRNA) detektatu dira, genomen inguruko ikuspegi proteozentrikoa alboratuz eta RNA
|
ez
kodetzaileak, bereziki luzeak (long non coding RNA, lncRNA), ikertzaileen fokuan jarriz. Era berean, azken ikerketek geneen adierazpenerako ezinbestekoak diren transkripzio eta itzulpen prozesuen erregulazioak duen garrantzia ere agerian jarri dute.
|
|
|
Plataforma horiek RNAren transkripzioa modu global batean aztertzea ahalbidetu dute, genomaren% 90 inguru transkribatzen dela frogatuz. Harrigarriki, portzentaje horretatik% 2 bakarrik dagokie proteinak kodetzen dituzten geneei, genomatik transkribatzen diren RNA
|
ez
kodetzaileen (ncRNA) ugaritasuna eta aniztasuna azaleratuz eta horiek zelularen identitate eta funtzioan izan dezaketen eragin zuzena azpimarratuz (2).? –
|
|
|
Bi alor nagusi horiek, epigenomikak eta epiproteomikak, eragin izugarria izan dute zelulen seinaleztapena, geneen erregulazioa eta minbiziaren biologia ulertzeko garaian. Alabaina, DNA eta proteinen bitartean dagoen biologia, RNAren mundua, ulertzeko ahalegin handiak egiten ari dira ikertzaileak gaur egun. Azken urteetan, 100 aldaketa kimiko baino gehiago antzeman dira RNAn, gehiengoak RNA
|
ez
kodetzaileetan aurkitu diren arren, (bai RNA erribosomikoan (RNAr), RNA transferentziazkoan
|
|
|
Azterketa honetan minbiziaren inguruko ikuspegi proteozentrikoaz haratago joan nahi genuke, gene
|
ez
kodetzaile hauek eta haien adierazpenaren erregulazioak tumoreen garapenean izan dezaketen garrantzia azpimarratuz. Erregulazio hori maila ezberdinetan eman daiteke eta esan bezala protagonista ugarirengan izan dezake eragina.
|
|
|
Erregulazio hori maila ezberdinetan eman daiteke eta esan bezala protagonista ugarirengan izan dezake eragina. Lan honetan, alde batetik, RNA
|
ez
kodetzaile luzeen (lncRNA) ezaugarri nagusiak eta minbiziaren garapenean horiek duten garrantzia laburbiltzen saiatuko gara. Izan ere, gaur arteko emaitzek tumore solido zein hematologikoen garapenean hainbat RNA ez kodetzaile luzek izan dezaketen paper kritikoa azpimarratu dute.
|
|
|
Lan honetan, alde batetik, RNA ez kodetzaile luzeen (lncRNA) ezaugarri nagusiak eta minbiziaren garapenean horiek duten garrantzia laburbiltzen saiatuko gara. Izan ere, gaur arteko emaitzek tumore solido zein hematologikoen garapenean hainbat RNA
|
ez
kodetzaile luzek izan dezaketen paper kritikoa azpimarratu dute. Bestalde, epitranskriptomaren alorra ere pil pilean dagoen garai honetan, zientzialariek interes handia dute RNA molekuletan dauden aldaketa biokimikoek izan dezaketen garrantziaren ikerketan.
|
|
|
Orain arte RNAn aldaketa kimiko ugari deskribatu badira ere, gaur egun N6 metiladenosinaren (m6A) inguruan lortzen ari dira aurrerapauso handienak, aldaketa horrek RNA elementuen egituran eta adierazpenean eragin zuzena duela ikusi baita (5). Adibide modura, RNA
|
ez
kodetzaile luzeek eta epitranskriptomak (m6A aldaketak) leuzemia mieloide akutuaren (acute myeloid leukemia, AML) garapenean izan dezaketen paper garrantzitsua berrikusiko dugu. Leuzemia mieloide akutua helduengan agertzen den jatorri mieloideko minbizi ohikoena da, bere ezaugarri nagusia hezur muinean eta odolean gertatzen den zelula leuzemiko heldugabeen pilaketa izanik.
|
|
|
Leuzemia mieloide akutua helduengan agertzen den jatorri mieloideko minbizi ohikoena da, bere ezaugarri nagusia hezur muinean eta odolean gertatzen den zelula leuzemiko heldugabeen pilaketa izanik. Horren prebalentzia dela-eta, minbizi hematologikoen alorrean gehien ikerturiko tumoreen artean dago eta, ondorioz, RNA
|
ez
kodetzaile eta epitranskiptomikaren alorrean aurrerapen esanguratsuak burutu dira azkenaldian AMLaren testuinguruan (6).
|
|
|
2 RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (long non coding RNA, lncRNA)
|
|
|
Orokorki, RNA
|
ez
kodetzaileak zelularen barruan proteinarik kodetzen ez duten transkripto genikoak dira. Horien gehiengoa aspalditik ezagunak diren eta zelularen barruan maila altuan adierazten diren, housekeeping?
|
|
|
Horien gehiengoa aspalditik ezagunak diren eta zelularen barruan maila altuan adierazten diren, housekeeping? RNA
|
ez
kodetzaileek osatzen dute, zeinetan RNAm aren itzulpenerako ezinbestekoak diren RNAr eta RNAt, RNAren moztitsasketarako ezinbestekoak diren RNA nuklear txikiak (snRNA) eta RNAren eraldaketan parte hartzen duten RNA nukleolar txikiak (snoRNA) aurki ditzakegun (7). Hala ere,, housekeeping?
|
|
|
Hala ere,, housekeeping? RNA kategorian sartzen ez diren RNA
|
ez
kodetzaile mota ugari identifikatu dira, horiek sailkatzeko irizpide nagusia tamaina izanik: RNA ez kodetzaile laburrak (< 200 bp) eta RNA ez kodetzaile luzeak (> 200 bp).
|
|
|
RNA kategorian sartzen ez diren RNA ez kodetzaile mota ugari identifikatu dira, horiek sailkatzeko irizpide nagusia tamaina izanik: RNA
|
ez
kodetzaile laburrak (< 200 bp) eta RNA ez kodetzaile luzeak (> 200 bp). Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA ez kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA).
|
|
|
RNA kategorian sartzen ez diren RNA ez kodetzaile mota ugari identifikatu dira, horiek sailkatzeko irizpide nagusia tamaina izanik: RNA ez kodetzaile laburrak (< 200 bp) eta RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (> 200 bp). Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA ez kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA).
|
|
|
RNA ez kodetzaile laburrak (< 200 bp) eta RNA ez kodetzaile luzeak (> 200 bp). Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA
|
ez
kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA). Azken ikerketek RNA ez kodetzaile laburren dibertsitatea azpimarratu dute, kategoria horren barnean klase ugariko RNA ez kodetzaileak bereiziz (mikroRNA, siRNA, piRNA?) (7).
|
|
|
Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA ez kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA). Azken ikerketek RNA
|
ez
kodetzaile laburren dibertsitatea azpimarratu dute, kategoria horren barnean klase ugariko RNA ez kodetzaileak bereiziz (mikroRNA, siRNA, piRNA?) (7). Horien artean, mikroRNAk dira orain arte gehien ikertu direnak eta minbiziaren testuinguruan tumore mota askotan miRNA horien adierazpenean asaldurak aurkitu dira, tumoreen garapenean duten funtzioa azpimarratuz (8).
|
|
|
Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA ez kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA). Azken ikerketek RNA ez kodetzaile laburren dibertsitatea azpimarratu dute, kategoria horren barnean klase ugariko RNA
|
ez
kodetzaileak bereiziz (mikroRNA, siRNA, piRNA?) (7). Horien artean, mikroRNAk dira orain arte gehien ikertu direnak eta minbiziaren testuinguruan tumore mota askotan miRNA horien adierazpenean asaldurak aurkitu dira, tumoreen garapenean duten funtzioa azpimarratuz (8).
|
|
|
RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (IncRNAk): RNA seq datuetanoinarritutako analisi transkriptomikoa ardian
|
|
|
RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (IncRNAk), proteinak kodetzen ez dituzten eta 200 nukleotido bainoluzeagoak diren transkriptoak, oso gutxi ikertu dira gizakiarekin konparatuz, eta osomugatua da espezie batetik bestera eratorri daitekeen gene hauen egitura edo funtzioari buruzkoinformazioa. RNA seq datu multzo bat baliatuz ardien lncRNAk identifikatu, kontserbazioa aztertu etaaluminiodun txertoen aurrean erakusten duten jokaera aztertu dugu.
|
|
|
Ugaztunetan ia genoma guztianonahi transkribatzen da, ez bakarrik mRNAk sortzeko, mota askotako RNA ez kodetzaileaksortzen dira ere, gune intergenikoetan, gene kodetzaileen kontrako harizpian edo intronetanesaterako (Morris & Mattick, 2014). RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (lncRNAk) proteinak kodetzenez dituzten eta 200 nukleotido baino luzeagoak diren transkriptoak dira. Egitura aldetik askokRNA mezularien antza izan arren, hau da, poliadenilatu egiten dira, 5?
|
|
|
RNAk hainbeste egitura desberdin hartzen ahal ditu, ezen, lncRNAkmolekula mota askorekin elkarrekintzak izaten ahal baitituzte, eta hauen bitartez eurenzereginak gauzatu. Besteak beste, DNA, proteinak edo bestelako RNA motak (miRNAk edomRNAk kasu) dira RNA
|
ez
kodetzaile hauen ituak. Karakterizazio funtzionalerako, teknikaesperimentalez gain, lan fluxu bioinformatikoak garatu dira.
|
|
|
AzkenaldianlncRNAk klaseetan banatzeko gailendu den hurbilketa beste geneekiko zein kokapenkromosomiko duten aztertzea da, izan ere, kokapenak ekintza mekanismoei buruzkoorokortasun batzuk egitea ahalbidetzen duela ikusi da. Horrela, gene kodetzaileen arteankokatzen direnak lincRNA (RNA
|
ez
kodetzaile intergeniko luzeak) bezala ezagutzen dira.Berriz, gene kodetzaile batetik gertu kokatzen direnak talde propioa osatzen dute. Horietatikpromotorea elkarbanatzen dutenei, esaterako, lncRNA dibergente esaten zaie (Luo et al., 2016). Gene kodetzaile baten kontrako harizpian kokatzen direnak kontrako harizpiko lncRNA (antisense lncRNA) deitzen dira eta intronetatik eratortzen direnak lncRNA intronikoak dira.
|
|
|
Aurrekari hauek kontuan izanda, analisi honen bitartez lortu nahi den helburua bikoitza da: Batetik, ardiaren RNA
|
ez
kodetzaile luzeen identifikazioa egitea RNA seq datuetatik etaazterketa deskriptiboa eta funtzionala egitea, ezaugarri orokorrak eta gene kodetzaileekin dutenerlazioa aztertuz. Bestetik, tratamenduarekin lotura duten lncRNAk identifikatzea, hau da, aluminioaren aurrean jokaera aldatzen dutenak.
|
|
|
Eskura ditugun sekuentziazio datuak probestuz lncRNA, miRNA eta mRNA datuakintegratzen ari gara. Geneen ko adierazpen analisien bitartez aztertuko dugu lncRNA hauek zeingene kodetzaileekin batera adierazten diren, lncRNAk miRNA ituak diren eta miRNA hauekmRNA molekulengan egiten duten errepresioa lncRNA transkriptoen eraginez ahuldu daitekeen.Bestalde, RNA
|
ez
kodetzaile hauen elkarrekintzak aurresaten ari gara. Horrela, ardien lncRNAgeneen ezagutza zabaldu eta aluminioarekin lotutako hautagaiak identifikatuko dira eurekinanalisi funtzionalak egiteko.
|
|
|
1 motako diabetesarekin (DM1) asoziatutako polimorfismo ugari RNA luze
|
ez
kodetzaileetan (lncRNA) kokatuta daude. Lan honen helburua DM1 rekin asoziatutako lnc13 eta lncBACH2 deritzenlncRNAen karakterizazio funtzionala gauzatzea izan da.
|
|
|
Eragile genetikoek zein ingurune faktoreek gaixotasunaren garapenean parte hartzen dute.Genetikari dagokionez, gene kodetzaile ugari asoziatu egin dira gaixotasun honekin, hala nolagiza antigeno leukozitarioaren (HLA) eskualdea edota intsulinaren (INS) genea. Halere, jakinada gaur egun gaixotasun autoimmuneekin loturik dauden nukleotido bakarreko polimorfismoen (SNP) %10 inguru RNA luze
|
ez
kodetzaileetan (IncRNA) kokatzen direla. IncRNAk proteinakodetzen ez dituzten 200 nukleotido baino gehiagoz osaturiko RNA molekulak dira.
|
|
|
Genome wide association studies (GWAS) eta RNA sequencing (RNAseq) teknologiei esker gaixotasunautoimmuneekin lotutako gene eta mekanismo ugari aurkitu badira ere, asoziatutako aldaera (SingleNucleotide Polymorphism edo SNP) gehienak eremu
|
ez
kodetzailetan kokatzen direla ikusi da. Azkenaldian RNA ez kodetzaile luzeek (lncRNA) zenbait prozesu biologikoetan duten garrantzia azpimarratu daeta gaixotasun askoren garapenarekin erlazionatu dira, gaixotasun autoimmuneak kasu.
|
|
|
Genome wide association studies (GWAS) eta RNA sequencing (RNAseq) teknologiei esker gaixotasunautoimmuneekin lotutako gene eta mekanismo ugari aurkitu badira ere, asoziatutako aldaera (SingleNucleotide Polymorphism edo SNP) gehienak eremu ez kodetzailetan kokatzen direla ikusi da. Azkenaldian RNA
|
ez
kodetzaile luzeek (lncRNA) zenbait prozesu biologikoetan duten garrantzia azpimarratu daeta gaixotasun askoren garapenarekin erlazionatu dira, gaixotasun autoimmuneak kasu. Lan honenhelburua RGS1 eremuan dagoen gaixotasun autoimmuneei asoziaturiko rs2816316 SNParenkarakterizazio funtzionala egitea izan da.
|
|
|
Alde batetik, gizakiok erantzun immunekonplexua dugu; parte hartzen duten zelula desberdinek, geneen adierazpen aldaketek eta kanpo eragileekeragiten dituzten jokabide desberdinak ez dira guztiz ezagunak oraindik (Gutierrez Arcelus et al, 2016). Horrez gain, gaixotasun konplexuei asoziaturiko SNP gehienak genomaren eremu ez kodetzaileetandaudela ikusi da, eta zaila izaten da beraien eragina identifikatzea. Bestalde, ikerketa desberdinekerakutsitakoaren arabera, eremu
|
ez
kodetzailetan dauden SNPek eragin dezakete bai inguruko geneenedota bai beste kromosoma bateko geneen adierazpenean (Ricaño Ponce et al., 2016). Hori guztia kontuanizanik, eremu ez kodetzailetako SNP asoziatuen funtzioak argitzea zaila bezain beharrezkoa den lana dugugaixotasun horien inguruko ezagutzan sakontzeko.
|
|
|
Bestalde, ikerketa desberdinekerakutsitakoaren arabera, eremu ez kodetzailetan dauden SNPek eragin dezakete bai inguruko geneenedota bai beste kromosoma bateko geneen adierazpenean (Ricaño Ponce et al., 2016). Hori guztia kontuanizanik, eremu
|
ez
kodetzailetako SNP asoziatuen funtzioak argitzea zaila bezain beharrezkoa den lana dugugaixotasun horien inguruko ezagutzan sakontzeko.
|
|
|
Egun, giza genoma
|
ez
kodetzailearen %70 inguru transkribatzen dela dakigu. Azken urteotan garatu denRNAren sekuentziazio teknikari esker transkribatzen diren eremu berriak identifikatu dira (mRNA zeinRNA ez kodetzaileak) (Castellanos Rubio eta Bilbao, 2018; Mowel et al, 2018).
|
|
|
Egun, giza genoma ez kodetzailearen %70 inguru transkribatzen dela dakigu. Azken urteotan garatu denRNAren sekuentziazio teknikari esker transkribatzen diren eremu berriak identifikatu dira (mRNA zeinRNA
|
ez
kodetzaileak) (Castellanos Rubio eta Bilbao, 2018; Mowel et al, 2018). Azken horien arteanRNA luze ez kodetzaileak (long non coding RNA edo lncRNA) dira ugarienak eta askotan beren funtzioaezezaguna izan arren, molekula horiek gaixotasunen garapenean izan dezaketen eraginak interes handiapiztu du azken aldian (Mowel et al, 2018).
|
|
|
Azken urteotan garatu denRNAren sekuentziazio teknikari esker transkribatzen diren eremu berriak identifikatu dira (mRNA zeinRNA ez kodetzaileak) (Castellanos Rubio eta Bilbao, 2018; Mowel et al, 2018). Azken horien arteanRNA luze
|
ez
kodetzaileak (long non coding RNA edo lncRNA) dira ugarienak eta askotan beren funtzioaezezaguna izan arren, molekula horiek gaixotasunen garapenean izan dezaketen eraginak interes handiapiztu du azken aldian (Mowel et al, 2018).
|
|
|
Ikusi den moduan, zenbait gaixotasun autoimmunek arrisku lokusdesberdinak partekatzen dituzte, eta askotan erantzun immunearekin edota hanturarekin erlazionatutakoeremuak dira. Beraz, eskualde horietan dauden eta eremu
|
ez
kodetzaileetan kokatzen diren SNPak intereshandikoak dira. Bertan aurkitzen diren elementu erregulatzaileak identifikatu eta beraien funtzioadeskribatzeak informazio oso interesgarria emango baitu gaixotasun autoimmuneetan parte hartzen dutenmekanismoak identifikatzeko.
|
|
2020
|
|
|
GnomAD proiektuak bazuen aurreko bertsio bat, ExAC proiektua, baina hark exomen datuak besterik ez zituen jasotzen. GnomAD proiektua, ordea, geneak kodetzen dituzten guneez gain, eremu
|
ez
kodetzaileen sekuentziak ere jasotzen saiatu da. Izan ere, exoma edo gune kodetzaileak gure genomaren% 1,5 besterik ez dira.
|