|
2019
|
|
|
Bestalde, RNA
|
ez
kodetzaile luzeen (lncRNA) kategoriak 200 bp baino luzeagoak diren transkripto ez kodetzaile guztiak biltzen ditu. LncRNAek ez dute 100 aminoazido baino luzeagoa den irakurketa irekiko sekuentziarik (ORF, open reading frame), orokorrean ez dute kodoi kontserbaturik eta ez dute homologiarik proteina datu baseekin.
|
|
|
Bestalde, RNA ez kodetzaile luzeen (lncRNA) kategoriak 200 bp baino luzeagoak diren transkripto
|
ez
kodetzaile guztiak biltzen ditu. LncRNAek ez dute 100 aminoazido baino luzeagoa den irakurketa irekiko sekuentziarik (ORF, open reading frame), orokorrean ez dute kodoi kontserbaturik eta ez dute homologiarik proteina datu baseekin.
|
|
|
Baina, azken urte hauetan ikertzaileek epitranskriptomikaren arloan jarri dute fokua, RNAren modifikazio kimikoetan; izan ere, aldaketa horiek transkripzio ondorengo prozesu guztietan eragina dutela ikusi da, azkenik proteinen sintesiaren dibertsifikazioan eraginez (25). RNAren modifikazio guztien artean, RNA eukariotoaren metabolismoan eta funtzioan eragina duten batzuk aurkitu dira, besteak beste, N6 metiladenosina (m6A), 5 metilzitosina (m5C), uridinaren (U) isomerizazioa pseudouridinara(?) edo N1 metiladenosina (m1A) (4 irudia), modifikazio hauek batez ere, RNAm eta lncRNA bezalako RNA
|
ez
kodetzaileetan agertzen direlarik. RNAren ezaugarri bereziak direla-eta, (bizi laburra, oso egituratua, gune zelular ezberdinen artean mugikorra), RNA mailako erregulazio hau oso sentikorra eta dinamikoa dela ikusi da.
|
|
|
Zelulek aldaketa horren bidez, RNAren metabolismoa eta itzulpena azkartzen dute, aldaketa hori irakurtzeko gai den proteina espezifikoren bat dagoen bitartean, noski. Hortaz, m6A edo bestelako aldaketak irakurtzeko gai diren proteinen identifikazioan eta karakterizazio funtzionalean dago gakoa; izan ere, proteina horiek markaturiko RNA horren patua zein izango den erabakiko baitute, amaierako RNA
|
ez
kodetzaileen edo proteinen sintesia erregulatuz (27). Hainbat proteina ezberdin aurkitu dira m6A aldaketaren idazle, irakurle eta ezabatzaile gisa parte hartzen dutenak.
|
|
|
Esaterako, RNAm aren transkripzioa eta moztitsasketa erregulatzen duen MALAT1lncRNAn (Metastasis Associated lung adenocarcinoma transcript 1) hainbat m6A gune aurkitu dira, MALAT1transkriptoaren bigarren mailako egitura, eta ondorioz funtzioa, mantentzeko ezinbestekoak direnak (31). Era berean, XISTRNA
|
ez
kodetzaile nuklearrean ere m6A gune ugari identifikatu dira, eta YTHDC1 proteina gune horietara batzea ezinbestekoa da X kromosoma baten isilarazpena era egokian burutzeko (29). Zalantzarik gabe, emaitza hauek m6A markaren garrantzia islatzen dute RNAren prozesamenduan, haren funtzio ugariak zehazteko ikerketa gehiagoren beharra azaleratuz.
|
|
|
Azken ikerketen arabera, RNA baseen parekatzea eten eta RNA harizpi bikoitzen banaketa eragin dezake m1A aldaketak. Nahiz eta 7.000 m1A aldaketa baino gehiago aurkitu diren RNA
|
ez
kodetzaile luze eta kodetzaileetan, oraindik ikerketa gutxi burutu denez, m1Aren funtzionaltasuna ez dago guztiz garbi nahiz eta seguruenik itzulpenaren sustapenarekin lotuta egon (32). Era berean, lncRNAetan marka honen presentzia oraindik ez da oso ondo aztertu, baina berriki buruturiko ikerketa batek MALAT1lncRNAn m1A guneak identifikatu ditu.
|
|
|
Gutxienez 57 RNA metiltransferasa identifikatu dira giza zeluletan, haietatik 5 behintzat m5C aldaketan eragin zuzena dutenak; NSUN1/ 2/ 3/ 4/ 6/ 7, NSUN5a/ b/ c, DNMT2 (RCMT metiltransferasak) eta TET familiako proteinak hurrenez hurren. NSUN2k hainbat RNA
|
ez
kodetzailetan 5 zitosina metilatu dezakeela ikusi da, eta horrek zelula amen garapenaren erregulazioan eta minbizi zelulen garapen eta metastasian garrantzi handia duela deskribatu da. Aldiz, DNMT2k, DNA metiltransferasa bezala ezagutu den arren, RNAt eta RNAr aren metilazioan ere parte hartzen duela ikusi da (25, 33, 35). m5Cren funtzio biologikoak RNA eukariotoan ezezaguna izaten jarraitzen du gaur egun (31).
|
|
|
Azken urteetan, teknologia berriei esker genetikaren arloan aurrerapen handiak egin diren arren, RNA
|
ez
kodetzaileen eta epitranskriptomikaren alorrean oraindik galdera asko dago erantzuteko. Lehenik, epitranskriptoma zein lncRNAen ezagutzan aurrerapausoak emateko RNAren paisaia osoa ezagutzea ezinbestekoa da.
|
|
|
Iluntasunetik argirantz, genoma
|
ez
kodetzailea kodetuz
|
|
|
DNAren eta RNAren sekuentziazio masiboei esker, ordura arte. DNA zabor? bezala ezagututako guneetatik transkribatutako proteinarik kodetzen ez duten milaka RNA
|
ez
kodetzaile (ncRNA) detektatu dira, genomen inguruko ikuspegi proteozentrikoa alboratuz eta RNA ez kodetzaileak, bereziki luzeak (long non coding RNA, lncRNA), ikertzaileen fokuan jarriz. Era berean, azken ikerketek geneen adierazpenerako ezinbestekoak diren transkripzio eta itzulpen prozesuen erregulazioak duen garrantzia ere agerian jarri dute.
|
|
|
DNAren eta RNAren sekuentziazio masiboei esker, ordura arte. DNA zabor? bezala ezagututako guneetatik transkribatutako proteinarik kodetzen ez duten milaka RNA ez kodetzaile (ncRNA) detektatu dira, genomen inguruko ikuspegi proteozentrikoa alboratuz eta RNA
|
ez
kodetzaileak, bereziki luzeak (long non coding RNA, lncRNA), ikertzaileen fokuan jarriz. Era berean, azken ikerketek geneen adierazpenerako ezinbestekoak diren transkripzio eta itzulpen prozesuen erregulazioak duen garrantzia ere agerian jarri dute.
|
|
|
Plataforma horiek RNAren transkripzioa modu global batean aztertzea ahalbidetu dute, genomaren% 90 inguru transkribatzen dela frogatuz. Harrigarriki, portzentaje horretatik% 2 bakarrik dagokie proteinak kodetzen dituzten geneei, genomatik transkribatzen diren RNA
|
ez
kodetzaileen (ncRNA) ugaritasuna eta aniztasuna azaleratuz eta horiek zelularen identitate eta funtzioan izan dezaketen eragin zuzena azpimarratuz (2).? –
|
|
|
Bi alor nagusi horiek, epigenomikak eta epiproteomikak, eragin izugarria izan dute zelulen seinaleztapena, geneen erregulazioa eta minbiziaren biologia ulertzeko garaian. Alabaina, DNA eta proteinen bitartean dagoen biologia, RNAren mundua, ulertzeko ahalegin handiak egiten ari dira ikertzaileak gaur egun. Azken urteetan, 100 aldaketa kimiko baino gehiago antzeman dira RNAn, gehiengoak RNA
|
ez
kodetzaileetan aurkitu diren arren, (bai RNA erribosomikoan (RNAr), RNA transferentziazkoan
|
|
|
Azterketa honetan minbiziaren inguruko ikuspegi proteozentrikoaz haratago joan nahi genuke, gene
|
ez
kodetzaile hauek eta haien adierazpenaren erregulazioak tumoreen garapenean izan dezaketen garrantzia azpimarratuz. Erregulazio hori maila ezberdinetan eman daiteke eta esan bezala protagonista ugarirengan izan dezake eragina.
|
|
|
Erregulazio hori maila ezberdinetan eman daiteke eta esan bezala protagonista ugarirengan izan dezake eragina. Lan honetan, alde batetik, RNA
|
ez
kodetzaile luzeen (lncRNA) ezaugarri nagusiak eta minbiziaren garapenean horiek duten garrantzia laburbiltzen saiatuko gara. Izan ere, gaur arteko emaitzek tumore solido zein hematologikoen garapenean hainbat RNA ez kodetzaile luzek izan dezaketen paper kritikoa azpimarratu dute.
|
|
|
Lan honetan, alde batetik, RNA ez kodetzaile luzeen (lncRNA) ezaugarri nagusiak eta minbiziaren garapenean horiek duten garrantzia laburbiltzen saiatuko gara. Izan ere, gaur arteko emaitzek tumore solido zein hematologikoen garapenean hainbat RNA
|
ez
kodetzaile luzek izan dezaketen paper kritikoa azpimarratu dute. Bestalde, epitranskriptomaren alorra ere pil pilean dagoen garai honetan, zientzialariek interes handia dute RNA molekuletan dauden aldaketa biokimikoek izan dezaketen garrantziaren ikerketan.
|
|
|
Orain arte RNAn aldaketa kimiko ugari deskribatu badira ere, gaur egun N6 metiladenosinaren (m6A) inguruan lortzen ari dira aurrerapauso handienak, aldaketa horrek RNA elementuen egituran eta adierazpenean eragin zuzena duela ikusi baita (5). Adibide modura, RNA
|
ez
kodetzaile luzeek eta epitranskriptomak (m6A aldaketak) leuzemia mieloide akutuaren (acute myeloid leukemia, AML) garapenean izan dezaketen paper garrantzitsua berrikusiko dugu. Leuzemia mieloide akutua helduengan agertzen den jatorri mieloideko minbizi ohikoena da, bere ezaugarri nagusia hezur muinean eta odolean gertatzen den zelula leuzemiko heldugabeen pilaketa izanik.
|
|
|
Leuzemia mieloide akutua helduengan agertzen den jatorri mieloideko minbizi ohikoena da, bere ezaugarri nagusia hezur muinean eta odolean gertatzen den zelula leuzemiko heldugabeen pilaketa izanik. Horren prebalentzia dela-eta, minbizi hematologikoen alorrean gehien ikerturiko tumoreen artean dago eta, ondorioz, RNA
|
ez
kodetzaile eta epitranskiptomikaren alorrean aurrerapen esanguratsuak burutu dira azkenaldian AMLaren testuinguruan (6).
|
|
|
2 RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (long non coding RNA, lncRNA)
|
|
|
Orokorki, RNA
|
ez
kodetzaileak zelularen barruan proteinarik kodetzen ez duten transkripto genikoak dira. Horien gehiengoa aspalditik ezagunak diren eta zelularen barruan maila altuan adierazten diren, housekeeping?
|
|
|
Horien gehiengoa aspalditik ezagunak diren eta zelularen barruan maila altuan adierazten diren, housekeeping? RNA
|
ez
kodetzaileek osatzen dute, zeinetan RNAm aren itzulpenerako ezinbestekoak diren RNAr eta RNAt, RNAren moztitsasketarako ezinbestekoak diren RNA nuklear txikiak (snRNA) eta RNAren eraldaketan parte hartzen duten RNA nukleolar txikiak (snoRNA) aurki ditzakegun (7). Hala ere,, housekeeping?
|
|
|
Hala ere,, housekeeping? RNA kategorian sartzen ez diren RNA
|
ez
kodetzaile mota ugari identifikatu dira, horiek sailkatzeko irizpide nagusia tamaina izanik: RNA ez kodetzaile laburrak (< 200 bp) eta RNA ez kodetzaile luzeak (> 200 bp).
|
|
|
RNA kategorian sartzen ez diren RNA ez kodetzaile mota ugari identifikatu dira, horiek sailkatzeko irizpide nagusia tamaina izanik: RNA
|
ez
kodetzaile laburrak (< 200 bp) eta RNA ez kodetzaile luzeak (> 200 bp). Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA ez kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA).
|
|
|
RNA kategorian sartzen ez diren RNA ez kodetzaile mota ugari identifikatu dira, horiek sailkatzeko irizpide nagusia tamaina izanik: RNA ez kodetzaile laburrak (< 200 bp) eta RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (> 200 bp). Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA ez kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA).
|
|
|
RNA ez kodetzaile laburrak (< 200 bp) eta RNA ez kodetzaile luzeak (> 200 bp). Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA
|
ez
kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA). Azken ikerketek RNA ez kodetzaile laburren dibertsitatea azpimarratu dute, kategoria horren barnean klase ugariko RNA ez kodetzaileak bereiziz (mikroRNA, siRNA, piRNA?) (7).
|
|
|
Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA ez kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA). Azken ikerketek RNA
|
ez
kodetzaile laburren dibertsitatea azpimarratu dute, kategoria horren barnean klase ugariko RNA ez kodetzaileak bereiziz (mikroRNA, siRNA, piRNA?) (7). Horien artean, mikroRNAk dira orain arte gehien ikertu direnak eta minbiziaren testuinguruan tumore mota askotan miRNA horien adierazpenean asaldurak aurkitu dira, tumoreen garapenean duten funtzioa azpimarratuz (8).
|
|
|
Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA ez kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA). Azken ikerketek RNA ez kodetzaile laburren dibertsitatea azpimarratu dute, kategoria horren barnean klase ugariko RNA
|
ez
kodetzaileak bereiziz (mikroRNA, siRNA, piRNA?) (7). Horien artean, mikroRNAk dira orain arte gehien ikertu direnak eta minbiziaren testuinguruan tumore mota askotan miRNA horien adierazpenean asaldurak aurkitu dira, tumoreen garapenean duten funtzioa azpimarratuz (8).
|