|
2019
|
|
|
Bestalde, RNA
|
ez
kodetzaile luzeen (lncRNA) kategoriak 200 bp baino luzeagoak diren transkripto ez kodetzaile guztiak biltzen ditu. LncRNAek ez dute 100 aminoazido baino luzeagoa den irakurketa irekiko sekuentziarik (ORF, open reading frame), orokorrean ez dute kodoi kontserbaturik eta ez dute homologiarik proteina datu baseekin.
|
|
|
Azken ikerketen arabera, RNA baseen parekatzea eten eta RNA harizpi bikoitzen banaketa eragin dezake m1A aldaketak. Nahiz eta 7.000 m1A aldaketa baino gehiago aurkitu diren RNA
|
ez
kodetzaile luze eta kodetzaileetan, oraindik ikerketa gutxi burutu denez, m1Aren funtzionaltasuna ez dago guztiz garbi nahiz eta seguruenik itzulpenaren sustapenarekin lotuta egon (32). Era berean, lncRNAetan marka honen presentzia oraindik ez da oso ondo aztertu, baina berriki buruturiko ikerketa batek MALAT1lncRNAn m1A guneak identifikatu ditu.
|
|
|
Erregulazio hori maila ezberdinetan eman daiteke eta esan bezala protagonista ugarirengan izan dezake eragina. Lan honetan, alde batetik, RNA
|
ez
kodetzaile luzeen (lncRNA) ezaugarri nagusiak eta minbiziaren garapenean horiek duten garrantzia laburbiltzen saiatuko gara. Izan ere, gaur arteko emaitzek tumore solido zein hematologikoen garapenean hainbat RNA ez kodetzaile luzek izan dezaketen paper kritikoa azpimarratu dute.
|
|
|
Lan honetan, alde batetik, RNA ez kodetzaile luzeen (lncRNA) ezaugarri nagusiak eta minbiziaren garapenean horiek duten garrantzia laburbiltzen saiatuko gara. Izan ere, gaur arteko emaitzek tumore solido zein hematologikoen garapenean hainbat RNA
|
ez
kodetzaile luzek izan dezaketen paper kritikoa azpimarratu dute. Bestalde, epitranskriptomaren alorra ere pil pilean dagoen garai honetan, zientzialariek interes handia dute RNA molekuletan dauden aldaketa biokimikoek izan dezaketen garrantziaren ikerketan.
|
|
|
Orain arte RNAn aldaketa kimiko ugari deskribatu badira ere, gaur egun N6 metiladenosinaren (m6A) inguruan lortzen ari dira aurrerapauso handienak, aldaketa horrek RNA elementuen egituran eta adierazpenean eragin zuzena duela ikusi baita (5). Adibide modura, RNA
|
ez
kodetzaile luzeek eta epitranskriptomak (m6A aldaketak) leuzemia mieloide akutuaren (acute myeloid leukemia, AML) garapenean izan dezaketen paper garrantzitsua berrikusiko dugu. Leuzemia mieloide akutua helduengan agertzen den jatorri mieloideko minbizi ohikoena da, bere ezaugarri nagusia hezur muinean eta odolean gertatzen den zelula leuzemiko heldugabeen pilaketa izanik.
|
|
|
2 RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (long non coding RNA, lncRNA)
|
|
|
RNA kategorian sartzen ez diren RNA ez kodetzaile mota ugari identifikatu dira, horiek sailkatzeko irizpide nagusia tamaina izanik: RNA ez kodetzaile laburrak (< 200 bp) eta RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (> 200 bp). Berriki, geneen adierazpenean eta gaixotasun ugariren garapenean funtzio garrantzitsuak dituzten RNA ez kodetzaile labur ugari deskribatu dira (small ncRNA).
|
|
|
RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (IncRNAk): RNA seq datuetanoinarritutako analisi transkriptomikoa ardian
|
|
|
RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (IncRNAk), proteinak kodetzen ez dituzten eta 200 nukleotido bainoluzeagoak diren transkriptoak, oso gutxi ikertu dira gizakiarekin konparatuz, eta osomugatua da espezie batetik bestera eratorri daitekeen gene hauen egitura edo funtzioari buruzkoinformazioa. RNA seq datu multzo bat baliatuz ardien lncRNAk identifikatu, kontserbazioa aztertu etaaluminiodun txertoen aurrean erakusten duten jokaera aztertu dugu.
|
|
|
Ugaztunetan ia genoma guztianonahi transkribatzen da, ez bakarrik mRNAk sortzeko, mota askotako RNA ez kodetzaileaksortzen dira ere, gune intergenikoetan, gene kodetzaileen kontrako harizpian edo intronetanesaterako (Morris & Mattick, 2014). RNA
|
ez
kodetzaile luzeak (lncRNAk) proteinak kodetzenez dituzten eta 200 nukleotido baino luzeagoak diren transkriptoak dira. Egitura aldetik askokRNA mezularien antza izan arren, hau da, poliadenilatu egiten dira, 5?
|
|
|
Aurrekari hauek kontuan izanda, analisi honen bitartez lortu nahi den helburua bikoitza da: Batetik, ardiaren RNA
|
ez
kodetzaile luzeen identifikazioa egitea RNA seq datuetatik etaazterketa deskriptiboa eta funtzionala egitea, ezaugarri orokorrak eta gene kodetzaileekin dutenerlazioa aztertuz. Bestetik, tratamenduarekin lotura duten lncRNAk identifikatzea, hau da, aluminioaren aurrean jokaera aldatzen dutenak.
|
|
|
Genome wide association studies (GWAS) eta RNA sequencing (RNAseq) teknologiei esker gaixotasunautoimmuneekin lotutako gene eta mekanismo ugari aurkitu badira ere, asoziatutako aldaera (SingleNucleotide Polymorphism edo SNP) gehienak eremu ez kodetzailetan kokatzen direla ikusi da. Azkenaldian RNA
|
ez
kodetzaile luzeek (lncRNA) zenbait prozesu biologikoetan duten garrantzia azpimarratu daeta gaixotasun askoren garapenarekin erlazionatu dira, gaixotasun autoimmuneak kasu. Lan honenhelburua RGS1 eremuan dagoen gaixotasun autoimmuneei asoziaturiko rs2816316 SNParenkarakterizazio funtzionala egitea izan da.
|