|
2005
|
|
|
Esperimentu hauek iradokitzen dute azetilkolinesterasa entzima kodetzen
|
duten
geneak soilik transkribatzen direla zitoplasma beilegiarekin asoziaturiko zenbait faktore jasotzen dituzten zeluletan.
|
|
2009
|
|
|
Gure primer a BLAST programan idatziko dugu eta programaksekuentzia hau
|
duten
geneak erakutsiko dizkigu. Gene bakarra (interesatzenzaigun genea, hain zuzen) ezagutuko duten primer ak aukeratuko ditugu.
|
|
2015
|
|
|
Oro har, lan honek, UDA aktibitate ezak garapen eta prozesu metabolikoak desorekatu egitendituenaren bi adibide esanguratsu ematen ditu. Hala ere, RNAseq esperimentuko emaitzetan espresioaadierazgarriki aldatzen
|
duten
gene kopuru eta aniztasunagatik, FlbBren aktibitateak prozesu zelularezberdin gehiagotan eragin zuzena edo ez zuzena izan dezakeela ematen du. Honek garapenekoerregulazio sareen azterketarako ikuspegi berri bat irekitzen du.
|
|
|
Ikerketa honen helburua, eritasun zeliakoan TJ bidezidorrean egon daitezken desrregulazioakkarakterizatzea da. Horretarako bidezidor honetan parte hartzen
|
duten
gene hautagai sorta batenadierazpen analisia egin da eta aldaera hauen itzulgarritasuna aztertu da. Bestetik, gliadinakzelularteko loturen egiturak apurtzeko duen gaitasuna neurtu da in vitro, heste epiteliokoC2Bee1 modelo zelularra erabiliz.
|
|
|
Alde batetik, lotura hertsietan parte hartzen
|
duten
geneek heste epitelioaren suntsiketaninplikatuta daudela ikusi dugu. Gene hautagai batzuen gain/ azpi adierazpenak eta koadierazpenpatroiaren alterazioak mekanismo erregulatzaile komun bat dagoela eta hau gaixotasun aktiboanalteratuta eta kaltetuta dagoela adierazten dute.
|
|
|
Aldaeren karakterizazioak eta sailkapenek pertsonalizatutako tratamenduakbaimenduko dituzte. Bestalde eta bukatzeko, HF an parte hartzen
|
duten
gene berrienaurkikuntzak eta ikasketak estrategia terapeutiko berriak proposatzeko aukera irekiko lukete.
|
|
|
Lan honetan Estatu Espainolean ohikoenak diren HF an parte hartzen
|
duten
gene nagusien aldaerenbalioztapen funtzionala burutu da, mutazio hauen inguruko ondorengo informazio berriaren ekarpenaeginez: patogenizitatea edo eza, patogenizitate maila edo hala badagokio, LDL aren barneraketarenbidezidorrean kaltetutako prozesua.
|
|
|
Hartzaile hauek seinalizaziointrazeiuarra aktibatzeko duten gaitasuna ikusirik eta gaixotasun zeiiakoaren patogenesian immunitateinnatoak duen garrantzia dela eta, gliadina TLR baten ligando zuzena izan litekeela proposatu da (Palova Jelinkova et al., 2013). Hori dela eta, TLR bidezidorra osatzen
|
duten
geneak eritasun zeliakoapairatzeko kandidatu funtzionaltzat kontsideratu lirateke. Gainera, gliadina TLR baten ligandozuzena dela testatuko balitz, eritasun zeliakoaren zein beste gaixotasun batzuen patogenesiarenulermenean eragin positiboa emango litzateke.
|
|
|
Ikerketa honetan TLR bidezidorrean egon daitezken desregulazioak karakterizatu nahi izandira bidezidorra osatzen
|
duten
geneen adierazpen analisi baten bidez.
|
|
|
Gaixotasunhorrek aldagai genetiko garrantzitsua duela adierazi dute zenbait ikerketa lanek (Broadhead et al., 2011; Savage et al., 2013; Yang eta Zhang, 2013). Ikerketa lan horietan OSren jatorrian parte hartudezaketen geneak eta bidezidorrak aztertu dituzte, esate baterako, hezurren hazkundearekin etaDNAren konponketan zerikusia
|
duten
geneak (Ruza et al., 2003), (Savage et al., 2007b), (Savage etal., 2007a), (Toffoli et al., 2009), (Yang et al., 2014), (He et al., 2013), (He et al., 2014a), (He et al., 2014b), (Wang et al., 2013), etc. Hala ere, Giza Genoma proiektuari esker geneak genomaren 1, 5%osatzen dutela ezagutu genuen. Izan ere, gainontzeko %95a proteina izango ez den RNAek osatzendute (RNA ez kodifikatzaileak).
|
|
|
Jakina da, polimorfismoak gizabanakoen artean ezberdinak diren aldaera genetikoak direla.Polimorfismo horien artean, nukleotido bakarrekoak (single nucleotide polymorphisms edo SNP) arruntenetarikoak dira. Horrez gain, SNPak proteinen ekoizpena eta funtzioa aldatu dezakete.Ondorioz, miRNAen prozesamenduaren bidezidorra osatzen
|
duten
genetan dauden SNPak miRNAbidezko erregulazioan eragin dezakete (Mishra eta Bertino, 2009). Izan ere, DROSHAn kokatutadagoen rs640831 SNPak 56 miRNAen adierazpena aldatzen zuela behatu zen birikietako minbiziazuten pazientetan (Rotunno et al., 2010).
|
|
2017
|
|
|
Morfinaren tratamenduaren azterkari nagusiak inpronta genomikoa
|
duten
geneak dira gurelanean. Morfinak gene hauetan eraginen bat ote duen ikusteko, qRT PCR teknikarekininprontadun gene familiaren adierazpen aldaketak neurtu ditugu kontrol eta morfina laginetan.
|
|
|
Teknika honen bitartez inpronta genomikoa
|
duten
geneetan adierazpen aldaketaesanguratsuak identifikatu ditugu morfinarekin trataturiko laginak kontrol laginekin alderatuta (2.irudia). Adibidez, aitaren aldeko inpronta genomikoa duten gene diren Rasgrfl, Pegl etaPeg3 k beherakada adierazgarria erakutsi dute beraien adierazpenean eta Peg5 eta Peg10 geneekaldiz, adierazpena areagotu dute.
|
|
|
Teknika honen bitartez inpronta genomikoa duten geneetan adierazpen aldaketaesanguratsuak identifikatu ditugu morfinarekin trataturiko laginak kontrol laginekin alderatuta (2.irudia). Adibidez, aitaren aldeko inpronta genomikoa
|
duten
gene diren Rasgrfl, Pegl etaPeg3 k beherakada adierazgarria erakutsi dute beraien adierazpenean eta Peg5 eta Peg10 geneekaldiz, adierazpena areagotu dute.
|
|
|
Lan honen ondorio bezala esan dezakegu, morfinak H3K27me3 histonaren aktibitateanjaitsiera bat eragiten duela eta gainera, bere antolamenduan aldaketa zuzenak burutzendituela, inpronta genomiko
|
duten
geneekiko lotura handiagotuz. Zehazki, lotura hau ICReta DMR guneetan gertatzen da, erregulazio bat emanez.
|
|
|
Honek morfinaren eraginezeraldatu daitekeen mekanismo epigenetiko bat eskaintzen digu, aztertzen jarraitzea mereziduena. Izan ere, morfinak, inpronta genomikoa
|
duten
geneengan sortzen duen efektuhorrek inpaktu handia izan dezake bai memoria zelularrean, inpronta genomikoan, Xkromosomaren inaktibazioan, enbrioiaren garapenean edota belaunaldiz belaunaldikooinordekotza epigenetikoan.
|
|
|
Hitz gakoak: aldaketa epigenetikoak, H3K27me3 histona, inpronta genomikoa
|
duten
geneak, morfina.
|
|
|
Inpronta genomikoa
|
duten
geneak
|
|
|
Morfinaren eragina, inpronta genomikoa
|
duten
geneekin lotzen duten ikerketak gerozeta ugariagoak dira (Gioiosa eta lank., 2007, Gioiosa eta lank., 2008, Tapocik eta lank., 2009). Inpronta genomikoa prozesu biologiko bat da, gene bat edo genomaren eremu batbiokimikoki markarazten duena jatorri parentala adieraziz, hau da, gene jakin bat amarenedo aitarengatik jasotako aleloaren kopia den adierazten digute. Inprontaren ondorioz, aleloetako bat bakarrik adieraziko da eta bestea itzalita mantenduko da.
|
|
|
Inprontaren ondorioz, aleloetako bat bakarrik adieraziko da eta bestea itzalita mantenduko da. Ugaztunongarapen egokia eman dadin, amaren eta aitaren inpronta
|
duten
geneen ekarpenabeharrezkoa da, prozesu horretan aldaketarik emanez gero hainbat eta hainbat gaixotasunedo sindrome sortu daitezke eta (Knoll eta lank., 1989, Nicholls eta lank., 2001, Horsthemke eta lank., 2008, Bartolomei eta Ferguson Smith 2011).
|
|
|
ICR eremu hauek zitosina etaguanina nukleotidoetan aberatsak dira (CpG irlak ere deiturikoak), eta beraz, metilazioaemateko leku aproposenak dira. ICR eremuak osatzen dituzten CpG irlek metilazioezberdintasunak erakusten dituzte clusterretako gene konkretuetan, DMR deituak (ingelesezko Differentially Methylated Regions) (Edwards and Ferguson Smith 2007). Hau dela eta inpronta genomikoa
|
duten
geneak gure ikerketa honen jomuga dira, beraienICR eta DMR eremuak aldaketa epigenetikoak pilatzeko leku aproposa baitira.
|
|
|
Guzti honekin, morfinaren ondorioz H3K27me3 histonan sorturiko antolamendualdaketek inpronta genomikoa
|
duten
geneetan izan dezakeen eragina aztertuko dugu lanhonen bidez.
|
|
|
2) Morfinak inpronta genomikoa
|
duten
geneetan eragin zuzena duen identifikatzea.
|
|
|
3) H3K27m3 histonan, morfinak sortutako antolamenduaren aldaketak ikertzea etainpronta genomikoa
|
duten
geneetan duen eragina behatzea.
|
|
|
Kolore bakoitzak modulu batadierazten du eta izartxoak modulutan taldekatzen ez diren geneei dagozkie. Ezkerrean Gegoeran glutena gehitzen denean moduluetatik ihes egiten
|
duten
geneak eta hauek egoera berriansortzen dituzten moduluak adierazten dira (G ^ G+ trantsizioa). Eskuinean G+ ^ Gtrantsizioko ondorioak.
|
|
|
Orain euskal kostaldeko korrokoien ziklo gametogenikoaren karakterizazioa burutzenari gara, Pasaiako populazioa erreferentziatzat hartuta, gametogenesiaren urratsezberdinetan parte hartzen
|
duten
geneen transkripzioa neurtuz. Beraz, ikerketa honenhelburua Chelon labrosus espezieko korrokoien HPG ardatzean maila desberdinetan duten geneen transkribapena aztertzea da, horretarako ugalketa ziklo osoanzeharreko aldaketak aztertuz.
|
|
|
Orain euskal kostaldeko korrokoien ziklo gametogenikoaren karakterizazioa burutzenari gara, Pasaiako populazioa erreferentziatzat hartuta, gametogenesiaren urratsezberdinetan parte hartzen duten geneen transkripzioa neurtuz. Beraz, ikerketa honenhelburua Chelon labrosus espezieko korrokoien HPG ardatzean maila desberdinetan
|
duten
geneen transkribapena aztertzea da, horretarako ugalketa ziklo osoanzeharreko aldaketak aztertuz. Horretarako, kiss2 kisspeptina, gpr54 (kissl genearenhartzailea), gnrhl, LH eta FSH hormonen a eta P azpiunitateak eta lhr kodetzen dituztengeneen azterketa burutu da.
|
|
|
Arrainen garapenean ere garrantzi handia du HPGardatzak. Ardatzaren funtzionamenduan parte hartzen
|
duten
geneen transkripzio ereduaarrainen bizi zikloan eta ugalketa zikloan zehar aldatuz doa, bakoitzak momentu konkretubatean burutuko baitu bere funtzioa. Kanpoko faktoreek, horien artean hartu emansozialek, fotoperiodoak, tenperatura aldaketak, elikagaien eskuragarritasunak zeinkutsatzaileen presentziak ere, organo desberdinekin elkarrekintzak sortzen dituzte, ardatzaren funtzionamendua eraenduz edota oztopatuz; edozein fasetan ematen denaldaketak ugalketan desoreka sor dezakeelarik.
|
|
2019
|
|
|
Hasteko, infekzioa modu egokian eman zela ziurtatzeko, gibeleko zeluletan genoma biralenpresentzia aztertu zen rt PCR bitartez DNA genomikoa erauzi eta gero. Datuen araberainfekzioa modu egokian eman zela ziurtatu zen (datu ez eskuragarriak). Genoma biralenpresentzia analizatuta, genoma biral horiek lortzen
|
duten
gene terapeutikoaren espresioa aztertuzen. Horretarako gibeleko zelulen RNA erauzketa burutu zen eta retrotranskripzioaren bitartezcDNA (DNA konplementarioa) lortu zen.
|
|
|
Exon bakarreko gehienak 2000 5000nukleotido zituzten, hau da, luzera txikikoak ziren. 2000 nukleotidotik beherako transkriptomonoexonikorik ezin zen egon, analisitik kanpo utzi ziren, sekuentziazioa irakurketa motzekoRNA seq bat zenez transkripto hauek ezin baitira fidagarritasun handiarekin de novo mihiztatu.LncRNA guztiak gertuen
|
duten
gene kodetzailearekiko posizio erlatiboaren arabera sailkatuziren (2 irudia). Espero bezala, IncRNA intergenikoen klasea gailentzen zen, entzefaloan hauenproportzioa handiagoa bada ere.
|
|
|
Gainera, eQTL (expressionquantitative trait locus) hurbilketak egin dira asoziaturiko SNP hauen efektu fenotipikoak zehaztu asmoz.Hala, ikerketa desberdinek asoziatutako SNPen aleloek inguruko geneen adierazpenean izan dezaketeneragina aztertu dute. Eta horrela, erantzun immunean parte hartzen
|
duten
gene eta mekanismo desberdinakidentifikatu dira (Castellanos Rubio eta Bilbao, 2018; de Haas et al, 2014; Jonkers eta Wijmenga, 2017; Lee et al, 2018).
|
|
|
nukleorairitsi behar dute eta A. nidulans bezalako onddoetan, nukleoan brlA genearen transkripzioaaktibatu behar da (Adams et al., 1998). Ugalketa asexuala kontrolatzen
|
duten
geneak bi bidegenetikotan taldeka daitezke. Bigarrena konidioforoa osatuko duten zelula mota gehienen sintesiakontrolatzen duen gene taldea da, CDP (central developmental pathway) akronimoarekin ezagutzendena.
|
|
|
Lehen bide genetikoan, aipatutako seinaleei erantzunaz, brlA ren transkripzioa aktibatu ala ezerabakitzen
|
duten
geneak taldekatzen dira. UDA (upstream developmental activation) akronimoa erabiltzen da bide genetiko hau izendatzeko.
|