|
2009
|
|
|
Aurreneko pausoan laginaaurreneko talde funtzionalarekin ilunpean erreakzionarazten da, ondoren, bigarren pausoan, bigarren talde funtzionalak argia igortzean era inespezifikoan erreakzionatuz. Era horretan, elkarren gertu
|
dauden
proteina proteinainterakzio horiek izoztuko ditugu. Mota honetako erreaktibo ugari daude etaadibide gisa hurrengo irudian agertzen den p azidobenzoil hidrazida (ABH).
|
|
|
Cu2+ aren eta lotura peptidikoen NH taldeen arteko loturaz sortzen denkonposatu koloredunean oinarritzen da. Cu2+ bat 4 NH talderi lotuko zaio.Kolorazioaren intentsitatea
|
dagoen
proteina kantitatearekiko (lotura peptidikoekiko) zuzenki proportzionala da. Erreakzioa nahiko espezifikoa da etaoso konposatu gutxi gurutzatzen dira bertan.
|
|
|
Teknika honek banatzen ditu laginean
|
dauden
proteinak bi pauso desberdinetan (1 eta 2 dimentsioak) haien bi mendekotasunik gabeko ezaugarrien arabera: masa molekularra erlatiboa (Mr) eta puntu isoelektrikoa (pl). Lehenengo pausoan lagin baten barruan dauden proteinen fokatze isoelektrikoa lortzen da, pl ren arabera.
|
|
|
Teknika honek banatzen ditu laginean dauden proteinak bi pauso desberdinetan (1 eta 2 dimentsioak) haien bi mendekotasunik gabeko ezaugarrien arabera: masa molekularra erlatiboa (Mr) eta puntu isoelektrikoa (pl). Lehenengo pausoan lagin baten barruan
|
dauden
proteinen fokatze isoelektrikoa lortzen da, pl ren arabera. Bigarrenean, banaketa Mr ren araberakoa lortzen da.
|
|
|
Gel batzuen arteko konparaketak egin ahal izateko (adibidez, espresioprofila adierazteko) ezinbestekoa da laginean
|
dagoen
proteina kontzentrazioaezagutzea. Zoritxarrez, lagina disolbatzeko erabiltzen diren osagai gehienekinterferentziak sortuko dituzte, horregatik arretaz erabaki behar da erabiltzenden metodoa (berriro, kit komertzialek emaitza onak ematen dituzte).
|
|
|
Puntu isoelektrikoa da pH balio bat, zeinean proteina baten karga netoa 0 den. Lehendimentsioko urrats honetan, laginean
|
dauden
proteina guztiak bananduegingo dira tiran zehar haien puntu isoeletrikoaren (pI) arabera.
|
|
2012
|
|
|
Homozisteina toxikoa da kontzentrazio altuetan eta denborarekin arazo eskeletikoak, artikulaziozkoak, begietakoak, neurologikoak eta baskularrak eragiten ditu. Tratamenduan metioninaren ahorakina jaisten da (proteina guztietan
|
dagoenez
proteina edukia gutxitu behar da), gehigarri batzuk (B6 bitamina nagusiki) emateaz gain.
|
|
2015
|
|
|
Eulietatik ubikitilatuta
|
dauden
proteinak eskuratzeko protokoloa gure laborategian garatu zen (Franco et al., 2011; Lectez et al., 2014) eta proteina hauek Dr. Gunnar Dittmar Max DelbruckCenter for Molecular Medicine Institutuko laborategian masa espektrometriaren bitartez aztertuegin ziren.
|
|
|
abidinarekin kontaktuan jartzerakoan biotinilatuta
|
dauden
proteina guztiak, eta kasu honetanubikitilatuak, erraz bazter daiteke geroago masa espektrometria (MS) teknikarekin bidezzeintzuk diren igartzeko. MS teknikak proteina nahasketa batean dauden proteinakidentifikatzen ditu, haien ugaritasun erlatiboa baita ere emanez (Zhang et al., 2009).
|
|
|
Kasu guztietan proteina hauekubikitilatuagoak agertu ziren Ube3a zeukaten zeluletan, gabezia zeukaten zeluletan baino, entzima horren egiazko substratuak zirela baieztatuz. Aldi berean, lehenago aurkitutako (Francoet al., 2011) eta laborategian eskuragarri
|
zeuden
proteinen ubikitilazioa Ube3a ren presentzianere aztertzea erabaki genuen, haietako batek entzima horren substratua ere izan litekeenjakiteko. Gure harridurarako, proteinen degradazioarekin eta sintesiarekin zerikusirik zutenbeste hiru proteinen ubikitilazioa (Rpn10, Rps10b eta CG8209) Ube3a ren presentzianhandiagoa zela ikusi genuen, identifikatutako substratuak seira handituz (3 Irudia) (Lee et al., 2014).
|
|
|
Euliekin izandako arrakasta ikusita, hurrengo pasua bai arratoiekin, bai gizakietatik lortutakozeluletara bioUb estrategia eramatea da. Ubikitina biotinarekin markatuta duten arratoiak sortuditugu jada, eta euliekin bezala ubikitilatuak
|
dauden
proteinak purifikatzea lortu egin dugu (Lectez et al., 2014), beraz orain AS eredu diren arratoiekin bateratzea da gure helburu. Bestealdetik, Estatu Batuetan lan egiten duen Dr.
|
|
|
Proteinak tamaina eta kargaren araberabanatzen dira poliakrilamidazko gel batetan. Ondoren, gel horretan
|
dauden
proteinak mintz batetaratransferitzen dira. Azkenik, mintzera transferitutako proteinak antigorputz espezifikoekin inkubatzendira proteina bandak agertuz.
|
|
2017
|
|
|
Artikulu honetan, proteogenomikarako datu baseak sortzeko beharrekoa den lan fluxu bioinformatikoaren garapena aurkezten dugu. Lan fluxu honen helburua, TCGA proiektuan bilduak dauden DNAko mutazioak erabiliz, minbizi laginetan
|
dauden
proteinetan jasotzen diren aminoazidoen aldaketak identifikatzea da (1 irudia).
|
|
|
Behin zelulek
|
dagozkien
proteinak adierazten dituztela frogatuta (1.b irudia), DDIlenubikuitinazio maila aztertzeko nolabait, arrantzatu, egin behar da.
|
|
2019
|
|
|
Western Blot teknikaren bitartez giza garun ehunean hevin proteina detektatu eta bereadierazpena 4 garun atalen artean (kortex prefrontala, hipokanpoa, nukleo kaudatua etazerebeloa) konparatu da semikuantifikazioa eginez. Teknika honetan lehenengo eta behin, laginean
|
dauden
proteinak tamainaren arabera banatzen dira, eta ondoren, aztertuko denproteinari espezifikoki lotzen zaion antigorputz bat erabiliz (antigorputz primarioa) proteinahori markatu egiten da. Segidan, antigorputz fluoreszente bat erabiliz antigorputz primarioamarkatu egiten da eta honen fluoreszentzia infragorri irudi sistema baten bitartez proteinarenseinale immunoerreaktiboa detektatzen da.
|
|
|
Gainera, behinHF duela esan ondoren, zer proteinatan dagoen aldaera jakin behar da, eta azkenik aldaerak zereragin daukan. PCSK9 ren kasuan erabiltzen den tratamendua anti PCSK9 antigorputzak dira, odolean zehar
|
dagoen
proteina inaktibatzeko. Hala ere, PCSK9 aldaera batzuek zelula barneandaukate eragina, odolera irten aurretik, eta tratamendu hori ez zen erabilgarria izango (Zhang etal, 2015).
|
|
|
FlbD ren bi ertzetako domeinuak proteinaren funtzionalitatean izan dezaketen eginkizunaaztertze aldera, eremu horietan mutazioak eragin ziren. cMyb eremuari dagokionez, bi anduisortu ziren. Batek, FlbD (1) forma trunkatua, cMyb eremuari soilik
|
dagokion
proteina zatia, adierazten du. Besteak, FlbD (E14G, R87Q) cMyb eremuan mutante puntuala den formaadierazten du.
|